Научный отдел Химического факультета МГУ создан в 1963г.. Деканом Химического факультета в те годы был профессор И.Ф. Луценко, а его заместителем по научной работе - профессор Ю.В. Филиппов. Курировали работу научного отдела со дня его основания заместители декана по научной работе - выдающиеся ученые факультета: В.М. Татевский, И.Ф. Луценко, Ю.В. Филиппов, Ю.Я. Кузяков, М.Я. Мельников, Б.А. Поповкин, О.А. Петрий, А.В. Анисимов, А.А. Бучаченко, С.Н. Калмыков. С момента создания отдела и по 1986 г. практически всю техническую работу отдела вела Лидия Яковлевна Аксенова. В 1992 году была введена должность начальника научного отдела.
Должность начальника отдела занимает Якубович Екатерина Вячеславовна к.х.н.